细菌、真菌污染

细菌和真菌污染很容易被检测, 因为受到细菌、真菌污染的细胞, 培养过程中细胞培养瓶的培养基会出现肉眼可见的明显特征。细菌污染会导致培养基出现浑浊、颜色改变以及pH值急剧变化, 受污染的贴壁细胞在几天内会逐渐脱壁死亡。真菌污染后的细胞生长速度变慢, 培养基中会漂浮白色、浅黄色或黑色的小点。因此, 通过观察培养基的颜色、漂浮物、pH值或在显微镜下观察细胞及其生长状态, 从而能初步判断该细胞是否受细菌、真菌污染。也可以使用培养检测法：将细胞培养物在各类培养基中适温培养若干天后, 观察是否有细菌或真菌生长。

支原体污染

支原体污染会影响细胞的形态、功能、代谢、细胞膜、生长速率、诱导染色体畸变、细胞内信号传导等各种细胞特性。细胞培养瓶中受支原体污染的细胞在培养时培养基的pH值不会发生改变, 也不会浑浊, 因此, 很难直接观察出细胞是否受到污染。

常用的支原体检测DNA荧光染色法：使用荧光染料DAPI或Hoechst 33258染色，荧光染料能选择性的结合细胞和支原体DNA的小沟, 因此, 在准备过程中, 任何存在的DNA均会被染色。被支原体污染的细胞经染色后, 细胞核外与细胞周围可看到许多大小均一的荧光点。

霉菌污染

霉菌污染早期，应用PBS多次冲洗细胞，尽量将孢子洗掉，然后用两性霉素处理。两性霉素对细胞生长影响也很大，浓度过高可致细胞死亡，浓度过低时则不能抑制霉菌生长。

病毒污染

有关病毒污染的资料不多，但一般认为病毒污染不影响细胞培养，通过PCR技术可以检测。不过病毒污染对生产疫苗是不安全的。因此，至今，潜在病毒是细胞大量生产和疫苗、干扰素等生物制品制作的难题。有研究显示用伽马射线可清除牛血清的大部分病毒，现如今最值得期待的是下游工艺中除病毒过滤器的开发。