细胞摇瓶作为一种经济、实惠的细胞培养工具，在生物制药、疫苗制备、细胞与基因治疗等领域具有广泛的应用，其中在慢病毒转染中，也会用到这种容器。

慢病毒载体是以HIV-1为基础发展起来的基因治疗载体。区别一般的逆转录病毒载体，它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力，被广泛地应用于表达RNAi的研究中。细胞摇瓶主要用于慢病毒转染悬浮细胞的实验中，其步骤如下：

1.在2×105/ml悬浮细胞中加入polybrene至6 μg/ml和适量病毒，充分混匀。37℃孵育。或者150g室温离心4小时(选作，部分难转染的细胞系采用此步骤可以提高转染效率)。 

2.(对polybrene毒性敏感的细胞选作此步骤)4小时后(或离心结束后)加入等体积新鲜培养基以稀释polybrene。 

3.继续培养3-4天。中间视细胞生长情况可传代或换液。

在使用细胞摇瓶进行慢病毒转染时一定要注意感染时的培养基尽量少些；每1ml的培养基中加入5-10ul的Polybrene（储存液浓度为2mg/ml ），可以提高效率约3-5倍。不过病毒感染效率的问题都是相对的，达到自己的研究目的即可。