蛋白表达是指用模式生物如细菌、酵母、动物细胞或者植物细胞表达外源基因蛋白的一种分子生物学技术，在基因工程技术中占有核心地位。细胞摇瓶是蛋白表达中经常会用到的一种耗材。

蛋白表达就是DNA上的基因转录成RNA再翻译成蛋白质的过程。蛋白质表达就可以将基因所控制的相应的（遗传）性状表达出来。按照宿主细胞来划分，蛋白质表达系统可以分为原核表达系统和真核表达系统两大类。原核表达系统有大肠杆菌表达系统、芽孢杆菌表达系统、链霉菌表达系统。真核表达系统有酵母菌表达系统、昆虫表达系统、哺乳动物表达系统和植物细胞表达系统。

原核蛋白表达的流程包括原核表达载体的构建、转化到高效表达的宿主菌，目的蛋白质的诱导表达、细菌的扩大培养、制备细菌蛋白粗提取物、目的蛋白质的纯化等，其中，细胞摇瓶主要应用在细菌的培养及扩大阶段，如果是大规模的蛋白表达需要用到容量更大的高效摇瓶。

蛋白表达仅仅是细胞摇瓶应用中的一方面，此外，它还用于悬浮细胞的培养、培养基的制备或储存，是一种经济、实惠的培养或储存容器。