细胞工厂作为大规模细胞培养的常用容器，被广泛应用于疫苗、生物制药、细胞及基因治疗等领域。多层结构的设计，也让其拥有了两种不同的培养方式：直接灌式培养和收获式培养。

直接灌式培养：是指不借助其他管路系统，直接将培养基倒入细胞工厂进行培养的一种方式。倒入培养基后，将容器侧放，静置使培养基平均分配至每层；加液口朝上，平衡液面；缓慢将容器放至水平位置，加入培养箱中静置培养。

收获式培养：不同于直接灌式培养，它利用闭路管道形成一个密闭的系统，可以直接收获细胞。首先更换空气过滤器，增加通气量；更换液体转移管路套件；连接培养基与细胞工厂液体转移管路；放置培养基于合适高度，使其在重力作用下流入容器内，添加完成后静置，使培养基平均分配至每层；加液口朝上，平衡液面；缓慢平放后静置平衡每层培养基；更换盖子后放入培养基培养。

这两种培养方式细胞工厂常用的两种，其中直接灌式培养多用于单个容器或数量较少时培养，收获式培养则用于多个容器培养操作，它可以将多个工厂串联起来形成密闭系统，降低污染风险。