细胞摇瓶是一种应用非常广泛的细胞培养耗材，如悬浮细胞、真菌、培养基储存与制备等，在苏云金芽孢杆菌的液体培养中同样用到这这种容器。

苏云金芽孢杆菌，英文名称：Bacillus thuringiensis，简称Bt，是一种产晶体蛋白的好气性蜡状芽孢杆菌。它是生物农药产品中开发的比较早、成效非常大的品种，其市场份额占微生物杀虫剂的90-95%，占生物农药的80%左右。苏云金杆菌含有芽孢和伴孢晶体。

当昆虫取食后，伴孢晶体在昆虫肠内碱性环境（PH值10左右）下降解，并通过中肠酶的消化作用，晶体毒素原变为具有活性的毒素，与昆虫中肠细胞膜上受体结合，破坏细胞结构，致使昆虫麻痹，全身瘫痪，上吐下泻，停止进食。同时芽孢从破坏了的肠壁侵入体腔血液萌发成菌体，进行大量繁殖，引起败血症。开始虫体腹部发黑，以后全部发黑并很快死亡。死亡的虫子多是倒悬在枝叶上。

1956年前苏联发表了用液体培养基细胞摇瓶培养苏云金杆菌并用于防治菜青虫的报道，从而揭开了苏云金杆菌大规模培养的序幕。中国从20世纪60年代也开始了与苏云金杆菌有关的研究，随后持续展开并开始了规模化生产。

除了用于苏云金芽孢杆菌的液体培养外，细胞摇瓶在鸡腿菇菌种、皱柄白马鞍菌等食用菌菌种液体培养中均具有普遍的应用，是是哦拥军行业规模化和产业化生产的发展方向。