近些年，随着制备工艺的不断完善，细胞摇瓶培养技术在液体菌种培养中得到了广泛的应用，并成为液体菌种大规模生产的主要途径。这主要得益于其以下优势：
1、生产周期短
制备液体菌种一般只要5-7d，周期短，速度快。而培养1瓶固体栽培菌种需要30d左右，仅发菌时间就比固体菌种减少了1/2以上。此外，用液体菌种作为母种或原种来扩大培养原种或栽培种时，也要比采用固体菌种快得多。
2、菌龄一致
由于固体菌种是靠接种块上的菌丝体蔓延长成的，培养速度慢，且处在菌种瓶（袋）上部和下部的菌丝体菌龄差异较大。而液体菌种则接种后萌发快，菌丝活力强，发育健壮。用其拌料栽培，其菌丝生长速度较一致，现蕾及出菇时间一致，便于管理、采收与加工。
3、接种简便
流质状态的液体菌种还便于接种工作的机械化、自动化，有利于工作效率的提高，更适合食用菌的工厂化、标准化生产。并且液体菌种萌发速度超过了杂菌滋长速度，杂菌几乎没有滋生的机会，因此克服了杂菌污染的技术难题，保证了产品质量。
4、降低成本
采用细胞摇瓶或发酵罐生产液体菌种，产量高，原料便宜，成本不到固体菌种的1/3。同时，由于其生产周期短，不使用菌种瓶，可省去装瓶、挑弃污染瓶、接种、挖瓶等繁杂工艺，节省了劳力、电耗和空间。
5、效益显著
液体菌种的生产厂房面积小，生产效率高，易进行自动化控制，产品质量稳定，产品易于提取和精制，使得质量与产量明显高于传统的生产方式，经济效益显著。
10层细胞工厂
综合来看，利用细胞摇瓶培养液体菌种具有生产周期短、菌龄一致、接种简便、降低成本、效益显著等优势，推动食用菌培养从农业领域逐步跨入工业化生产领域。
