作为一种大规模细胞培养容器，细胞工厂具有广泛的应用，如生物制药、单克隆抗体等，在重组蛋白疫苗生产中，也会用到这种细胞培养耗材。

将某种病毒的目的抗原基因构建在表达载体上，将已构建的表达蛋白载体转化到细菌、酵母或哺乳动物或昆虫细胞中， 在一定的诱导条件下，表达出大量的抗原蛋白，通过纯化后制备的疫苗。这种疫苗不养活病毒，无需担心病毒外泄，对生产车间的生物安全等级要求低；利用转基因技术生产病毒S蛋白上的RBD蛋白，能实现高产量、高纯度、低成本；重组蛋白疫苗只含RBD蛋白，纯度高，安全性更好。

重组蛋白疫苗的生产包括基因合成、目的基因质粒的构建、工程细胞表达、蛋白纯化等过程，其中细胞工厂主要应用在基因质粒构建和细胞表达环节。疫苗的生产具有严格的标准，为了减少生产过程中的外源污染，在使用细胞工厂时一般会借助专用的管路系统，形成密闭培养系统，降低污染风险。

此外，在使用细胞工厂培养细胞时，操作动作要轻柔，避免大幅晃动产生气泡，导致培养基分配不均，影响细胞生长。