疫苗是可针对特定传染病提供主动获得性免疫的生物制品，它可以是预防性的，如预防或缓解未来感染天然或“野生”病原体的影响，也可以是治疗性的，如正在研发的癌症疫苗。疫苗分为灭活疫苗、减毒活疫苗、重组蛋白疫苗、病毒载体疫苗等，在不同疫苗的工业化生产中，细胞工厂是常用的大规模细胞培养装置。

疫苗的工业化生产极具挑战性，在其过程中，涉及到细胞的扩增，鉴于生产工艺的复杂性，如何安全、稳定地放大成为业内关注的焦点。细胞培养放大的原则是大规模培养与小规模培养保持相对稳定的环境，在相同的环境下才会使得细胞生长密度、活率及产物的表达等保持稳定。细胞工厂是一种设计精巧的细胞培养装置，占用空间小、降低污染、提高产量、可控性好，被越来越多的生物制药生产企业及科研机构所接受。细胞工厂通过增加数量实现细胞的扩增，线性放大的一致性好，有助于缩短工艺开发流程，加快疫苗研发进程。

此外，在疫苗工业化生产中，外源微生物污染也是需要重点关注的一方面。细胞工厂可以通过专业的管路系统实现液体的封闭式转移，在无菌环境下将培养基或者细胞通过连接管路直接转移至细胞工厂内，大大降低了疫苗生产过程中外源污染的风险，提高疫苗生产效率。