热原是指能引起恒温动物体温异常升高的致热物质，如果细胞摇瓶中含有热原会对细胞的生长与繁殖造成直接影响，因此要控制耗材中的热原，避免其影响细胞培养进程。

热原包括细菌性热原、内源性高分子热原、内源性低分子热原及化学热原等。细胞摇瓶所说的热原主要是指细菌性热原，是某些细菌的尸体及其代谢产物。大多数微生物都能产生热原，致热能力最强的是革兰氏阴性杆菌的产物，其次是革兰阳性杆菌类，革兰阳性球菌则较弱，霉菌、酵母菌、甚至病毒也能产生热原。它的化学结构是脂多糖和微量蛋白的复合物。

细胞摇瓶的热原检测多采用家兔致热试验法，将供试品用无热原的0.9%氯化钠注射液浸提，分别注射如3只兔子的耳缘静脉，注射前测试并记录兔子的直肠温度，注射后1-3小时内每隔30min测试兔子的直肠温度并记录，连续3h，计算每只兔子的最大升高温度（与基线温度相比）并评价供试品浸提液是否引起热原反应。

热原检测是细胞摇瓶的一项基本检测项目，此外其质量检测项目还包括皮内刺激、体外细胞毒性、溶出物、吸光度等，这些检测从不同方面确保了耗材的质量。