在利用细胞工厂培养细胞时，细胞被污染是非常普遍的问题。相对于其他污染，支原体污染细胞后培养基一般不发生浑浊，所以我们很难通过肉眼判断。判断细胞是否受到来自支原体污染，可以通过以下四种方法：

1、DNA荧光染色法

DNA荧光染色法是利用荧光染色剂双苯咪唑Hoechst33258能够结合支原体DNA中的A-T碱基富集区域的原理，被支原体污染的细胞经染色后，其细胞核外与细胞周围可看到许多大小均一的荧光点，即是富含A-T碱基区域的支原体DNA。

2、PCR技术

根据支原体基因组内的保守序列设计特异引物，对待检样品的核酸进行扩增，通过对扩增产物的大小分析作出诊断。PCR检测技术用于支原体污染的检测，周期短、灵敏度高、特异性好、操作简单且一次可检测大量样品。

3、酶联免疫吸附试验（ELISA）

ELISA用于支原体污染的检测中，有着良好的特异性和敏感性，一次可以完成大量样品的检测。具有简便、快速与定量定性检测等特点。

4、电镜

一般细胞工厂中的细胞培养48～72小时，细胞接近汇合前，用胰酶消化细胞制成细胞悬液后进行固定、包埋、切片后才能进行观察。
以上是检测细胞工厂内支原体污染时，常用的四种检测方式。目前已知能污染细胞的支原体有20种以上，其中95%以上都是口腔支原体，所以操作人员在进行细胞培养时要注意无菌操作。