作为一种多层细胞培养容器，细胞工厂具有非常广泛的应用。在疫苗的大规模生产中，也会用到这种细胞培养耗材，如森林脑炎灭活疫苗。

森林脑炎是由森林脑炎病毒所致的中枢神经系统急性传染病，通过吸血昆虫（蜱）叮咬传播给人。起病时先有发热、头痛、恶心、呕吐、神志往往不清，并有颈项强直。随后再现颈部、肩部和上肢肌肉瘫痪，表现为头无力抬起，肩下垂、两手无力而摇摆等，恢复期较长，可留有瘫痪后遗症。森林脑炎灭活疫苗是用森林脑炎病毒“森张”株接种于原代地鼠肾细胞，经培养、收获病毒液，病毒灭活、纯化后，加入稳定剂和氢氧化铝佐剂制成。为乳白色混悬液体，含硫柳汞防腐剂。

细胞工厂主要应用在原代地鼠肾细胞的培养过程中，作为一种贴壁细胞，它对培养容器的表面有较高的要求。为了便于细胞更好地贴壁生长，培养容器的表面需要经过改性处理，引入亲水团，增强细胞吸附与蛋白结合的能力，让其适合原代地鼠肾细胞的生长与繁殖。

在规格上，森林脑炎灭活疫苗制备过程中多用到10层和40层细胞工厂，它们拥有更大的培养面积，适用于疫苗的大规模生产与制备。