细胞摇瓶发酵灵芝的要求有两个重要因素分为酸碱度和温度，在利用细胞摇瓶进行灵芝的深层发酵培养时，对酸碱度和温度的要求如下：

一、酸碱度：

1. 灵芝液体深层发酵最适宜的酸碱度为pH4.56，过酸过碱对菌丝生长都不利，pH值过低菌丝粗菌丝短生长慢，pH值过高菌丝细弱菌丝可用率低。

2. 灵芝菌丝在生长过程中会产生酸性物质会使培养基pH下降，当pH降至3.5以下时菌丝就不会生长。菌丝亦会开始自溶菌丝自溶后培养基pH就会上升所以在发酵时若测定结果pH有突然明显上升趋势时就可能是菌丝已开始自溶。

3.由于发酵过程中培养基pH值会发生变化所以在发酵时每隔一定时间〈一般为78小时〉就要测pH值，当培养基pH值急剧下降菌丝生长不良时就要用氨水或碱液调节培养pH。

二、温度：

1.灵芝深层发酵的适宜温度为25～30℃。发酵时必须给以适当的温度条件，高于30℃时菌丝生长快，但菌丝得率低，且容易自溶，发酵液的色泽深，高于36℃时，灵芝菌丝停止生长，40℃以上时，菌丝很快死亡。

2.发酵温度会对发酵产物积累发生影响，温度高，菌丝呼吸强度大，营养物质的消耗量多，发酵产物累积少，温度低，菌丝生长慢，营养物质的消耗少，发酵代谢物多，但温度低，发酵周期就会延长，成本就会提高。

所以发酵时，前期以菌丝生长为主要阶段，温度可控制在27～28℃左右最佳，以后，当到代谢产物累积阶段时，培养温度应降到20℃左右最佳。

综上所述，利用细胞摇瓶对灵芝进行深层发酵培养时要控制好酸碱度和温度，这样才能确保菌丝的生长状态。