液体菌种主要应用于食用菌的生产，细胞摇瓶培养技术的广泛运用，让食用菌从传统生产商的繁琐复杂、周期长、成本高逐步向自动化、标准化和规模化升级。在培养的过程中，培养液的酸碱度是影响培养效果的一大重要因素。
培养液的酸碱度直接影响营养物质吸收、酶活性及菌丝球生长等。培养液的酸碱度必须在灭菌前调整合适，大多数药用真菌的液体发酵，多采用自然pH或控制在pH5. 0～6.5的范围内。如果需要对培养液pH进行调节，可采用低浓度氢氧化钠及盐酸进行。为了防止培养液中酸碱度的剧烈变化，也常在培养液中加入碳酸钙、磷酸盐等缓冲物质。
培养液的酸碱度一般会随着菌体的生长而变化。发酵培养到了中期，多数菌丝会产生一些酸性物质如乙酸、柠檬酸、草酸等造成培养液pH下降；到了发酵后期，有的菌种菌液中pH会回升。一些无机盐，如碳酸铵被菌丝利用后，会引起pH值下降。葡萄糖作为碳源时，因丙酮酸迅速积累，会引起pH下降；而以乳糖为碳源时因乳糖的吸收较缓慢，pH下降较慢。因此，测定不同菌龄时培养液的pH，对了解菌丝的生长、代谢、生理生化反应等是一项重要的参数。要精确测定pH，可用酸度计进行，也可用pH试纸先进行粗测。利用细胞摇瓶培养时，培养液的pH测定必须将菌液倒出测定。
以上是细胞摇瓶液体菌种培养时，培养液酸碱度对培养效果的影响，当然，这仅仅是其中一方面，此外，摇瓶培养还要受振荡频率、装液量、光照等因素的影响。
