在大规模的细胞培养中，细胞工厂是应用较多的一类细胞培养耗材，具有操作方便、污染少、自动化程度高等特点，尤其在疫苗的制备方面具有普遍的应用。可应用的疫苗种类包括以下几种：
乙脑疫苗：减毒活疫苗是用流行性乙型脑炎减毒株病毒经过培养后增加保护剂冻干制成。
风疹疫苗：中国现用风疹疫苗系用毒株为BRD-II减毒株，该毒株是从一名典型风疹的患儿中分离得到的，并经，经培养，病毒繁殖到达高峰期，收获疫苗液，经检定合格后冻干而成，供预防风疹病毒感染。
麻疹疫苗：麻疹疫苗系用减毒株接种鸡胚细胞经培养收获病毒液后制成。
腮腺炎疫苗：用S79减毒株接种鸡胚细胞，经培养，收获病毒液并加适宜稳定剂后冻干制成。
水痘疫苗：本疫苗系采用国际通用的水痘病毒OKa减毒株，经MRC－5人二倍体细胞培养制成。冻干成品外观呈乳白色疏松体，溶解后呈淡黄色液体。
甲肝疫苗：活疫苗系将甲肝病毒减毒株(H2株)接种人，经培养、收获病毒而制成，灭活疫苗是应用灭活甲型肝炎病毒(HM175病毒株)制备而成。
狂犬疫苗：人用精制 VERO细胞及精制地鼠狂犬病疫苗均为轻度混浊白色液体，该疫苗对于防止伤口感染具有相当好的作用。
脊灰疫苗：脊髓灰质炎是由脊髓灰质炎病毒引起的一种急性传染病，接种疫苗是预防和消灭脊髓灰质炎的有效手段。
轮状疫苗：轮状病毒疫苗是预防轮状病毒肠炎的疫苗，主要接种对象为2月龄至3岁儿童。
细胞工厂可以用于以上几种疫苗的制备及生产，此外，它还可以用于细胞治疗、抗体制备、基因治疗等领域。
